Молекулярная клиническая диагностика. Методы

Автор(ы):Под ред. Херрингтона С., Макги Дж.
28.05.2010
Год изд.:1999
Описание: В книге авторитетного коллектива авторов из Англии, Голландии, Испании, США и других стран подробно описаны новейшие молекулярно-диагностические методы, которые находят все более широкое применение в клинических лабораториях. Среди них; иммуноцитохимическое генотипирование клеток и его использование для диагностики раковых заболеваний; гибридизация in situ, позволяющая обнаруживать специфические нуклеиновые кислоты в интактных клетках, срезах тканей и мазках; полимеразная цепная реакция и ее применение для выявления минимальных количеств вирусной ДНК в тканях и цитологических препаратах. Описаны также методы определения отцовства и идентификации личности. Книга предназначена для иммунологов, вирусологов, онкологов, молекулярных биологов.
Оглавление:
Молекулярная клиническая диагностика. Методы — обложка книги. Обложка книги.
Предисловие [5]
Список авторов [7]
Список сокращений [11]
Глава 1. Молекулярные методы, использующиеся в клинической диагностике. Джеймс О'Д. Макги [13]
  1. Введение [13]
  2. Молекулярная клиническая диагностика [14]
    2.1. Фенотипирование [14]
    2.2. Генотипирование [15]
    2.3. Анализ экстрактов тканей [16]
    2.4. Перспективы [18]
  Литература [19]
Глава 2. Иммуноцитохимия: световая микроскопия. Эндрю Р. Хериет, Кевин С. Гаттер [20]
  1. Введение [20]
  2. Выбор иммуноцитохимического метода [20]
  3. Изготовление препаратов [21]
    3.1. Тканевые срезы [22]
    3.2. Мазки [31]
  4. Первые антитела [33]
    4.1. Проверка антител [34]
    4.2. Хранение антител и работа с ними [34]
  5. Система иммуномечения [34]
    5.1. Выбор системы иммуномечения [34]
    5.2. Выбор метки [38]
    5.3. Выбор метода [44]
  6. Контроли [47]
    6.1. Контроль реагентов [47]
    6.2. Контроль процедур [48]
  7. За лабораторным столом [49]
    7.1. Оборудование и реактивы [49]
    7.2. Подготовка к окрашиванию [50]
    7.3. Реагенты [50]
    7.4. Работа с препаратами [51]
    7.5. Специальные красители и красители для контрастирования [52]
    7.6. Проблема нехватки материала [52]
    7.7. Совмещение иммуноцитохимического анализа с гибридизацией in situ [53]
    7.8. Автоматизация [53]
  8. Улучшение качества иммуноокрашивания [54]
    8.1. Время инкубации [54]
    8.2. Температура инкубации [55]
    8.3. Титр [55]
    8.4. Встряхивание [55]
    8.5. Уменьшение неспецифического окрашивания [55]
    8.6. Тканевые пигменты [56]
    8.7. Детергенты [57]
    8.8. Срезы [57]
    8.9. Повторное наслаивание [57]
    8.10. Комбинация методов [58]
  9. Двойное и тройное окрашивание [58]
    9.1. Последовательное окрашивание [58]
    9.2. Одновременное окрашивание [58]
  10. Некоторые проблемы и способы их решения [59]
    10.1. Другие замечания [59]
  Литература [64]
Глава 3. Иммуноцитохимия: электронная микроскопия. Сузан Ван Норден, Энни Е. Бишоп, Катрин М. Тимсон, Джулия М. Шлак [66]
  1. Введение [66]
  2. Практические аспекты [69]
    2.1. Приготовление образцов [70]
    2.2. Фиксация [71]
    2.3. Смолы [74]
    2.4. Приготовление срезов [76]
    2.5. Иммуномечение [76]
    2.6. Контроли [87]
    2.7. Фоновое мечение [88]
    2.8. Неожиданный отрицательный результат [88]
    2.9. Количественная обработка данных [89]
  Литература [89]
Глава 4. Методика выявления ДНК/РНК с помощью гибридизации in situ. Саймон Херрингтон, Джеймс О'Д.Макги [91]
  1. Введение [91]
  2. Выбор методики [92]
    2.1. Нуклеиновая кислота-мишень [92]
    2.2. Чувствительность [92]
    2.3. Специфичность [93]
    2.4. Лабораторные аспекты [93]
  3. Принципы гибридизации in situ [93]
    3.1. Выбор молекулы-свидетеля [95]
    3.2. Характер зонда и его мечение [97]
    3.3. Фиксация препаратов и подготовка предметных стекол [102]
    3.4. Предварительная обработка срезов [105]
    3.5. Денатурация и гибридизация [108]
    3.6. Отмывание образцов после гибридизации и ингибирование эндогенной ферментативной активности [113]
    3.7. Детекция гибридизовавшегося зонда [115]
  4. Контроли [120]
    4.1. Положительные контроли [120]
    4.2. Отрицательные контроли [120]
  5. Возможные причины неудач [121]
    5.1. Растрескивание срезов или нарушение морфологии тканей [121]
    5.2. Слабый сигнал или полное его отсутствие [122]
    5.3. Невоспроизводимость результатов [122]
    5.4. Высокий фон [123]
  6. За лабораторным столом [124]
    6.1. Оборудование [124]
    6.2. Реактивы [125]
    6.3. Автоматизация [125]
  7. Комбинирование методов [125]
    7.1. Гибридизация in situ и гистологическое окрашивание [125]
    7.2. Гибридизация in situ и иммуноцитохимия [125]
    7.3. Многократная гибридизация in situ [129]
  8. Использование метода гибридизации in situ для диагностики заболеваний [129]
  Литература [129]
Глава 5. Обнаружение вирусных генов методом гибридизации in situ. Стина М. Сирьянен [132]
  1. Введение [132]
  2. Принципы метода [132]
    2.1. Подготовка предметных стекол [133]
    2.2. Изготовление образцов [134]
    2.3. Обработка срезов до гибридизации [137]
    2.4. Зонды [138]
    2.5. Денатурация [146]
    2.6. Условия гибридизации [146]
    2.7. Промывание препаратов после гибридизации [146]
    2.8. Системы детекции [147]
    2.9. Окрашивание [148]
  3. Контроль специфичности [148]
  4. Стандартные протоколы [149]
    4.1. Гибридизация ДНК, содержащейся в цитологических препаратах, с 35S-ДНК-зондами [149]
    4.2. Гибридизация ДНК, содержащейся в гистологических срезах, с 35S-ДНК-зондами [151]
    4.3. Гибридизация РНК, содержащейся в тканевых срезах, с 35S-РНК-зондами [156]
    4.4. Гибридизация с биотинилированнымн ДНК-зондами [158]
  5. Интерпретация результатов [161]
  6. Количественная оценка [162]
  7. Чувствительность метода ГИС [163]
  8. Проблемы, возникающие при гибридизации in situ [164]
  9. Применение гибридизации in situ в клинической диагностике [166]
    9.1. Вирус папилломы человека [167]
    9.2. Цитомегаловирус [168]
    9.3. Вирус простого герпеса [168]
    9.4. Вирус Элштейна-Барр [169]
    9.5. Вирус гепатита В [169]
    9.6. Вирус иммунодефицита человека [170]
    9.7. Другие вирусы [171]
  Литература [171]
Глава 6. Выявление генетических нарушений в опухолевых клетках. Антон X. Н. Хопман, Пино Подвиге, Олаф Мускер, Франс С. Рамакерс [173]
  1. Введение [173]
  2. Методологические аспекты [173]
    2.1. ДНК-зонды [174]
    2.2. Мечение зондов и их детекция [177]
    2.3. Гибридизация in situ с несколькими мишенями [181]
  3. Методические аспекты гибридизации in situ [181]
    3.1. Фиксация и обработка препаратов [181]
    3.2. Предварительная обработка препаратов солидных опухолей [182]
    3.3. Определение числа гибридизационных сигналов и интерпретация результатов [190]
  4. Практическое применение [194]
    4.1. Интерфазная цитогенетика и кариотипирование [194]
    4.2. Интерфазная цитогенетика и проточная цитометрия [196]
    4.3. Определение гетерогенности опухолей [197]
  5. Заключение [198]
  Литература [199]
Глава 7. Локализация клеточных мНРК в клинических препаратах с помощью изотопно меченных РНК-зондов. К. А. Хамид [203]
  1. Введение [203]
  2. Получение зондов [203]
    2.1. Субклонирование ДНК-матриц в векторе для синтеза РНК [203]
    2.2. Линеаризация вектора [204]
    2.3. Транскрипция in vitro и мечение зондов [205]
    2.4. Выбор радиоактивной метки [207]
    2.5. Размер зонда [208]
  3. Подготовка тканей [208]
    3.1. Работа с тканями [208]
    3.2. Фиксация [209]
    3.3. Обработка предметных стекол [209]
    3.4. Получение срезов [210]
  4. Предварительная обработка клеток и тканей [211]
  5. Гибридизация [212]
  6. Отмывание препаратов после гибридизации [213]
  7. Радиоавтография [214]
  8. Одновременное проведение гибридизации in situ и иммуноцитохимического анализа [215]
  9. Контроли и специфичность гибридизации in situ [216]
    9.1. Ткань [216]
    9.2. Зонд [217]
    9.3. Специфичность гибридизации [217]
    9.4. Гистологический контроль [218]
  10. Количественные определения [218]
  11. Интерпретация данных [218]
  12. Требования к безопасности экспериментов по гибридизации in situ с применением радиоактивных изотопов [219]
  13. Некоторые примеры ГИС с мРНК в клинических препаратах с использованием изотопно меченных кРНК-зондов [219]
    13.1. Биоптаты, полученные при хирургических операциях [219]
    13.2. Эндоскопические биоптаты [220]
    13.3. Цитологические препараты [220]
    13.4. Аутопсийный материал [220]
    13.5. Культуры тканей [220]
  Литература [222]
Глава 8. Выявление мНРК в клинических препаратах с помощью неизотопной гибридизации in situ. Эрик Яп, Хуан-Карлос Мартинес-Монтеро, Джеймс О'Д. Макги [223]
  1. Введение [223]
    1.1. Клеточные линии как модельные системы [224]
    1.2. Контроли [225]
  2. Получение образцов тканей и подготовка их к гибридизации [226]
    2.1. Предупреждение загрязнения РНКазами [226]
    2.2. Образцы [227]
    2.3. Фиксация [228]
    2.4. Демаскирование нуклеиновых кислот [229]
  3. Гибридизация in situ [230]
    3.1. Зонды [230]
    3.2. Предгибридиэация [232]
    3.3. Денатурация [232]
    3.4. Гибридизация [232]
    3.5. Отмывание после гибридизации [233]
    3.6. Детекция [234]
  4. Транскрипция in situ [237]
  5. Заключение [242]
  Литература [243]
Глава 9. Применение гибридизации in situ для диагностики цитопатологий. Саймон Херрингтон, Джеймс О'Д. Макги [244]
  1. Введение [244]
  2. Получение материала и подготовка препаратов [244]
  3. Фиксация препаратов и демаскирование нуклеиновых кислот [246]
    3.1. Фиксация [246]
    3.2. Демаскирование нуклеиновых кислот [247]
  4. Денатурация и гибридизация [249]
  5. Отмывание препаратов после гибридизации и детекция [251]
    5.1. Отмывание [251]
    5.2. Детекция гибридизовавшегося зонда [253]
  6. Контроли [256]
    6.1. Параллельный контроль [256]
    6.2. Внутренний контроль [256]
  7. Интерпретация результатов [258]
    7.1. Локализация сигнала [258]
    7.2. Чувствительность метода [258]
    7.3. Специфичность [258]
  8. Практическое применение гибридизации in situ [259]
  Литература [260]
Глава 10. Районы ядрышкового организатора и фибриллярные центры. Джон Крекер [261]
  1. Введение [261]
  2. Методы выявления ЯОР/фибриллярных центров [262]
    2.1. Применение [263]
    2.2. Окрашивание серебром ЯОР метафазных хромосом [264]
    2.3. Окрашивание серебром интерфазных фибриллярных центров [265]
  3. Более редкие методы выявления ЯОР [269]
    3.1. Ультраструктурный метод [269]
    3.2. Метод, основанный на связывании ионов висмута [271]
    3.3. Гибридизация in situ [272]
    3.4. Последовательное применение иммуногистоцитохимических методов и окрашивания Ag [273]
    3.5. Иммуноцитохимическое выявление белков, ассоциированных с ЯОР [276]
  4. Количественное определение AgflOP на интерфазных хромосомах [276]
    4.1. Техника анализа изображений [277]
    4.2. Размер AgflOP [278]
    5. Применение методов, основанных на анализе интерфазных AgЯOP, в гистопатологии [278]
  Литература [279]
Глава 11. Применение проточной цитометрии в молекулярной клинической диагностике. Ричард С. Камплджон [280]
  1. Введение [280]
    1.1. Обшие принципы проточной цитометрии [280]
    1.2. Измерение содержания ДНК [281]
  2. Приготовление клеточных суспензий [281]
    2.1. Дезагрегация свежих солидных опухолей [281]
    2.2. Суспендирование архивных препаратов, залитых в парафин [284]
  3. Окрашивание ДНК [286]
    3.1. Использование другой ДНК в качестве стандарта [287]
    3.2. Методы окрашивания ДНК [287]
  4. Проточная цитометрия [290]
    4.1. Анализ ДНК-гистограмм [291]
  5. Мультипараметрические измерения [293]
    5.1. Одновременное определение содержания ДНК и поверхностных антигенов [294]
    5.2. Определение содержания ДНК и включения бром-урацилдезоксирибозида [295]
    5.3. Одновременное определение содержания ДНК и ядерных или цитоплазматических антигенов [296]
  6. Применение проточной цитометрии в клинической диагностике [299]
    6.1. Определение содержания ДНК [299]
    6.2. Одновременное определение содержания ДНК и клеточных антигенов [300]
  Литература [300]
Глава 12. Выделение нуклеиновых кислот из клинических образцов и клеточных культур. Виктор Т.-В. Чан [302]
  1. Молекулярный анализ нуклеиновых кислот и изучение болезней человека [302]
    1.1. Выделение нуклеиновых кислот [303]
  2. Выделение ДНК [303]
    2.1. Выделение ДНК с использованием протеиназы К [304]
    2.2. Выделение ДНК с помощью быстрого фенольного метода [307]
    2.3. Выделение высокомолекулярной ДНК [309]
  3. Выделение РНК [310]
    3.1. Выделение РНК с использованием протеиназы К [312]
    3.2. Выделение РНК с помощью гуанидинтиоцианата [314]
  4. Одновременное выделение ДНК и РНК [316]
  5. Очистка роlу(А)*-РНК [319]
  6. Анализ РНК и ДНК [321]
    6.1. Качественный анализ [321]
    6.2. Количественный анализ нуклеиновых кислот [326]
  7. Хранение нуклеиновых кислот [328]
  Литература [328]
Глава 13. Получение зондов и их мечение. Юлия Е. Стикланд [329]
  1. Введение [329]
  2. Бактериальные плазмиды [329]
    2.1. Основные положения [329]
    2.2. Получение компетентных клеток Escherichia coli и их трансформация бактериальными плазмидами [331]
    2.3. Выделение и очистка плазмидной ДНК [334]
  3. Мечение нуклеиновых кислот [340]
    3.1. Введение [340]
    3.2. Радиоактивное мечение по сравнению с нерадиоактивным [341]
    3.3. Основные методы [342]
  4. Мечение двухцепочечной ДНК [346]
    4.1. Метод нуклеотидного замещения (ник-трансляция) [346]
    4.2. Метод рассеянной затравки [349]
    4.3. Получение зондов с помощью полимеразной цепной реакции [354]
  5. Синтез РНК-зондов методом транскрипции in vitro [358]
    5.1. Кодируемые бактериофагами ДНК-зависимые РНК-полимеразы [358]
    5.2. Выбор вектора [358]
    5.3. Получение ДНК-матрицы [360]
    5.4. Транскрипция [361]
    5.5. Преимущества РНК-зондов и возможности их применения [364]
  6. Получение олигонуклеотидных зондов [364]
    6.1. Типы олигонуклеотидных зондов и их применение [364]
    6.2. Мечение 5'-концов [366]
    6.3. Мечение 3'-концов [367]
  7. Заключение [371]
  Литература [372]
Глава 14. Гибридизация нуклеиновых кислот. Виктор Т.-В. Чан [374]
  1. Введение [374]
    1.1. Применение блот-гибридизаици для изучения болезней человека [375]
  2. Блот-гибридизация [376]
    2.1. Блот-гибридизация ДНК [377]
    2.2. Блот-гибридизация РНК [383]
    2.3. Выявление гибридизовавшихся зондов [390]
  3. Хранение фильтров после гибридизации [393]
  Литература [394]
Глава 15. Полимеразная цепная реакция и молекулярно-генетический анализ биоптатов. Даррил К. Шибата [395]
  1. Введение [395]
    1.1. Полимеразная цепная реакция [395]
    1.2. Амплификация РНК [397]
  2. Общие положения [398]
    2.1. Подбор праймеров [398]
    2.2. Число циклов [401]
    2.3. Точность [402]
  3. Работа с образцами тканей [402]
    3.1 Нативные ткани [402]
    3.2. Фиксированные ткани [402]
    3.3. Спинномозговая жидкость [408]
    3.4. Ткани, замороженные в среде, обеспечивающей оптимальные условия разрезания при данной температуре (ОСТ) [409]
    3.5. Архивные препараты [410]
    3.6. ПЦР in situ [410]
  4. Анализ ПЦР-амплифицированной ДНК [410]
    4.1. Подготовка ПЦР-продуктов [410]
    4.2. Гель-электрофорез [411]
    4.3. Гибридизация ПЦР-амплифицированной ДНК по Сау-зерну [411]
    4.4. Дот-блот-гибридизация ПЦР-амплифицированной ДНК [412]
  5. Интерпретация результатов [413]
    5.1. Выбор контролей [414]
    5.2. Чувствительность [415]
    5.3. Количественный ПЦР-анализ [417]
  6. Загрязнения [419]
    6.1. Возможности применения ПЦР в целях клинической диагностики [419]
    6.2. Лабораторная практика [420]
    6.3. Если загрязнение уже произошло [422]
  7. Применение ПЦР в клинической лаборатории [422]
  Литература [425]
Глава 16. Определение нуклеотидной последовательности ДНК. Мейрион Б. Ллуэлин [428]
  1. Введение [428]
  2. Получение ПЦР-амплифицированной ДНК [429]
  3. Подготовка векторной ДНК бактериофага М13 [431]
  4. Лигирование векторной и ПЦР-амплифицированной ДНК [434]
  5. Получение одноцепочечной рекомбинантной фаговой ДНК [434]
    5.1. Выделение одноцепочечной ДНК [436]
  6. Секвенирование [437]
  7. Электрофорез в геле [440]
    7.1. Подготовка секвенируюшего геля [440]
    7.2. Нанесение образцов и проведение электрофореза [443]
    7.3. Радиоавтография [444]
  8. Прямое секвенирование ПЦР-амплифицированной ДНК [445]
  Литература [447]
Глава 17. Применение ПЦР для диагностики папилломавирусных инфекций гениталий. Хейди М. Бауэр, Катрин Е. Грир, М. Мишель Мано [443]
  1. Введение [448]
    1.1. Полимеразная цепная реакция: обзор [448]
    1.2. Применение ПЦР в клинике [449]
  2. Обработка клинических образцов [450]
    2.1. Мазки и соскобы [451]
    2.2. Цервикально-вагинальный смыв физиологическим раствором [452]
    2.3. Ткани, заключенные в парафин [453]
  3. Амплификация [455]
    3.1. Предупреждение загрязнений [455]
    3.2. Амплификация гена L1 HPV и В-глобинового гена человека [455]
    3.3. Амплификация гена Е6 HPV [458]
  4. Анализ ПЦР-продуктов: электрофорез [460]
    4.1. Электрофорез в полиакриламидном геле [460]
    4.2. Рестрикционный анализ L1-фрагментов HPV [461]
  5. Анализ ПЦР-продуктов: дот-блот-гибридизация [462]
    5.1. Приготовление дот-блотов [462]
    5.2. Синтез консервативных L1-зондов [464]
    5.3. Гибридизация и детекция [467]
  6. Применение молекулярных методов в лабораторных исследованиях [471]
  Литература [472]
Глава 18. Применение полнмеразиой цепной реакции для скрининга вирусов папилломы человека при цитопатологнях шейки матки. Ян М. М. Валбомерс, Питер У. Дж. Мелкерт, Адриан Дж, Ван ден Брюль, Питер Дж. Ф. Снейдерс, Крис Дж. Л. М. Мейер [474]
  1. Введение [474]
  2. Изготовление препаратов для ПИР [475]
  3. Выявление вируса папилломы человека в соскобах с шейки матки [476]
    3.1. Консервативные и типоспецифичные праймеры [476]
    3.2. Статегия скрининга HPV [479]
    3.3. Некоторые замечания, касающиеся скрининга HPV [489]
  4. Клинические аспекты [491]
    4.1. Частота обнаружения HPV в препаратах [491]
    4.2. Перспективы выявления и цитологического скрининга HPV [493]
  Литература [494]
Глава 19. Обнаружение и идентификация патогенных микроорганизмов молекулярными методами. Брюс Дж. Маккреди, Джозеф А. Чимера [496]
  1. Введение [496]
  2. Конструирование и выбор зондов [497]
  3. Обнаружение патогенных микроорганизмов кишечной группы методом гибридизации на колониях [497]
    3.1. Подготовка образцов для гибридизации [498]
    3.2. Гибридизация нуклеиновых кислот, фискированных на нитроцеллюлозных или кайлоновых фильтрах, с ДНК-зондами, меченными ферментами [500]
  4. Обнаружение патогенных микроорганизмов в клинических образцах с помощью ПЦР [501]
  Литература [506]
Глава 20. Идентификация личности: анализ полиморфизма длины амплифицированных фрагментов Марсиа Эйзенберг, Джозеф А. Чимера [507]
  1. Введение [507]
  2. Выделение ДНК [509]
  3. Амплификация локуса DIS80 [510]
  4. Анализ ПЦР-продуктов [512]
  5. Интерпретация результатов [514]
  Литература [516]
Глава 21. Анализ ДНК в архивных образцах и его применение для изучения патогенеза опухолей. В. Ясуи, X. Ито, Е. Тахара [517]
  1. Введение [517]
  2. Выявление точковых мутаций [517]
    2.1. Аллель-специфичная гибридизация [518]
    2.2. Прямое секвенирование ПЦР-амплифицированной ДНК [522]
    2.3. Анализ SSCP [523]
  3. Выявление амплификации генов [524]
  4. Выявление потери гетерозиготности (ПГ) с помощью метода ПДРФ [526]
    4.1. Выбор маркеров и рестриктирующих эндонуклеаз [526]
    4.2. Анализ ПДРФ [528]
  Литература [531]
Список фирм, поставляющих оборудование и материалы [532]
Предметный указатель [535]
Формат: djvu
Размер:9759276 байт
Язык:РУС
Рейтинг: 172 Рейтинг
Открыть: Ссылка (RU)